El Comité de Coordinación Nacional es el máximo órgano administrativo de la federación, tiene como función principal dirigir y controlar las acciones y procesos que lleva a cabo la federación y sus delegados en las diferentes regiones del país, y se compone de una mesa de directores de áreas específicas, dependiendo de las necesidades que tiene FENADECO como organización.
En adición a este comité se encuentra presidiendo la comisión disciplinaria (órgano de control, inspección y vigilancia permanente de la Federación).
