La estructura organizacional de la federación esta compuesta de la siguiente manera:
COMITÉ COORDINADOR NACIONAL
Es el órgano de administración permanente encargado de las actividades generales de funcionamiento en los ámbitos legal, financiero, académico, comercial, de acuerdo a razón social de la Federación.
El órgano velara por otorgar y dar cumplimiento a los objetivos misionales de la Federación para lo cual el Comité estará conformado por: el Presidente quien será el representante legal de la Federación para cualquier instancia, la Secretaría General, la Dirección Ejecutiva de Comunicaciones, la Dirección Ejecutiva Académica, la Dirección Ejecutiva de Finanzas que figura como representante legal suplente y la Dirección Ejecutiva de Relaciones Externas y Marca.
COMISIÓN DISCIPLINARIA
Es el órgano de control, inspección y vigilancia de la Federación, el cual promulgara como objetivo principal el cumplimiento de los Estatutos Orgánicos, del Código Único Disciplinario y demás manuales que contengan conductos reglamentarios que regulan cada uno de los proyectos, actividades e instancias dentro de la organización.
Estará conformado por: el Fiscal Nacional, los Fiscales Regionales, el Presidente o su Delegado y secretaría general, teniendo éstos últimos voz pero no voto en las decisiones tomadas por la Comisión.
El siguiente organigrama representa la estructura por la cual la Federación gestiona administrativamente sus actividades misionales y de funcionamiento, sin embargo no existe un poder jerárquico entre las áreas dando lugar a la participación democrática de cada uno de sus integrantes.
